Organizacija poslovanja JP Autoceste FBiH d.o.o. Mostar osigurava obavljanje poslova iz djelatnosti preduzeća utvrđenim Zakonom o cestama, Statutom i drugim općim aktima JP Autoceste FBiH d.o.o. Mostar.


Djelatnost se uređuje preko osnovnih i samostalnih organizacionih jedinica oblikovanih na način kojim se osigurava zakonito, odgovorno, efikasno i ekonomično poslovanje. 


Organi JP Autoceste FBiH d.o.o. Mostar su: Skupština, Nadzorni odbor, Uprava i Odbor za reviziju.